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[其它] 西安交通大学信息与生物医学交叉研究中心招生

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发表于 2021-8-27 15:59:20 | 显示全部楼层 |阅读模式
西安交通大学信息与生物医学交叉研究中心面向全国优秀学子,招收多名对生物信息学感兴趣的博士、硕士研究生。欢迎有自动化、计算机、数学、生命、医学等背景的同学们了解并加入交叉中心,携手共拓我国生信未来发展道路。

1.  信息与生物医学交叉研究中心研究领域

从生物医学大数据分析、前沿生物技术到临床研究和应用的全链条体系构建:
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1.1  前沿信息技术
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1.2 前沿生物技术
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1.3  绿色生物智造
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1.4  生物医学应用
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2.  信息与生物医学交叉研究中心人员介绍

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3.  信息与生物医学交叉研究中心建设情况

西安交通大学信息与生物医学交叉研究中心前身是叶凯青年科学家工作室。叶凯青年科学家工作室成立于2016年3月,并于2016年4月2日正式挂牌,是学校首个以科学家名字命名的青年科学家工作室。随着团队不断壮大,工作室逐渐形成生物医学大数据与前沿生物技术交叉并不断开发绿色生物智造新方法的发展方向。交叉中心现以组学和组学信息学为研究方向,建成了集电信学部和Med-X数字医学研究所现有的超算平台、西安交通大学第一附属医院的样本库、转化医学中心、临床研究中心,以及涉及机器学习、人工智能、分子生物学、细胞生物学、病理学、药学的跨学科科研交叉平台。交叉中心致力于逐步建成一支具有国际一流水平的研究及成果转化团队,承担国家重大、重点课题及重大国际合作课题,不断产出重要原创性成果,培养一批具有国际竞争力的优秀学者,探索有利于科研创新的新体制,对相关学科及科研基地的发展形成有力支撑。

3.1  存储和计算系统

交叉中心已经建立了专业的B类机房(3大模块:主机房包括39个机柜;UPS电池间;配电室间),位于Med-X数字医学研究所内。机房内配备了可以存储、处理各种生物医学大数据的高性能计算集群,其中包括不少于1000个CPU核心数,1PB的海量存储,不少于4TB的大内存计算节点及GPU计算节点对于中心存储、分析生物医学大数据、进行组学数据挖掘及人工智能计算方法开发提供有利支撑。
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3.2  生物实验平台

交叉中心具有完备的生物医学研究平台,包括西安交通大学第一附属医院的单细胞研究中心以及位于Med-X数字医学研究所和电信学部的实验中心。生物实验平台支撑植物学、微生物学、细胞生物学、分子生物学等课题研究,同时还包含10x Chromium单细胞样本处理仪、Bioanalyzer、Qubit等能够完成第二代、第三代测序文库和单细胞测序文库构建的高端设备。交叉中心具有市级主管部门审批的BSL二级生物学实验室资质。
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4.  信息与生物医学交叉研究中心研究成果

交叉中心自成立起,致力解决生物信息学领域的卡脖子难题,力求将计算技术与临床医学结合起来,为解决人类重大疾病提供世界前沿的技术支持。交叉中心先后开发了模式非依赖基因变异检测算法、微卫星不稳定性检测算法,作为全世界首个泛肿瘤检测方案MSK-IMPACT中的MSI计算方法,通过了美国FDA的严格测试并获得批准,为基于NGS的肿瘤基因检测提供了精准分析方案;交叉中心也在药用植物基因组研究领域取得了重要的成果,在世界上首次高质量解析了鸦片罂粟的全基因组序列,阐明吗啡类生物碱合成基因簇的进化历史,为进一步开发鸦片罂粟药用价值,揭示罂粟科乃至早期双子叶植物进化历史奠定了基础。上述科研成果发表在Science、Nature、Nature Communications、Nature Medicine、Genome Research 等世界顶级期刊,以及Genomics, Proteomics & Bioinformatics 国内顶级期刊,共计30余篇;已授权专利3项,其中1项以许可方式转化于日本宝生物、予果科技等国内外多家公司;主持国家自然科学基金委项目 9 项,包含杰青项目 1 项,面上 6 项,青年 2 项;主持国家科技部重点研发计划精准医学专项子课题 1 项,参与 2 项;累计承担科研经费达 1765.29 万元。
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具有自主知识产权的生物医学大数据全链条解决方案
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Science
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Nature
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Nature Communications
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Nature Medicine
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Genome Research
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Genomics, proteomics & bioinformatics
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Genomics, proteomics & bioinformatics
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Genomics, proteomics & bioinformatics

5.  信息与生物医学交叉研究中心教师简介
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叶凯,国家杰青。本科和硕士分别毕业于武汉大学生命科学学院和药学院,博士(cum laude)毕业于荷兰莱顿大学(Leiden University);博士后阶段师从Rolf Apweiler教授,在欧洲生物信息学研究所(European Bioinformatics Institute)实现生物信息学研究对象从蛋白质序列到基因组的转变。其后,分别在荷兰莱顿大学医学中心(Leiden University Medical Center)和美国圣路易斯华盛顿大学基因组研究所(The Genome Institute at Washington University in St. Louis)任助理教授,开发了以Pindel、MSIsensor为代表的系列基因组变异检测方法,受邀参加千人基因组(The 1000 Genomes Project)、肿瘤基因组路线图计划(The Cancer Genome Atlas, TCGA)等多项国际基因组项目。2016年初,叶凯教授全职回国,在西安交通大学电信学部组建信息学与生命科学相结合的交叉学科团队,继续深入研究结构变异的检测、表征和功能。叶凯教授在Science、Nature、Nat Med、Nat Commun等期刊发表SCI论文70余篇,其中ESI高被引论文14篇,热点论文(hot paper)1篇,SCI他引22000余次。

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郭立,教授。2012年美国宾夕法尼亚州立大学植物病理与环境微生物学系博士学位,2012-2016年美国马萨诸塞州大学博士后科学研究,主要研究方向为生物信息学、药用植物基因组学、植物微生物互作机制。2016年10月进入西安交通大学从事教学科研工作,现主持国家自然科学基金面上基金、青年基金、中国博士后基金和西安交通大学基本科研业务交叉学科研究等4项科研项目,参与国家重点研发项目子课题1项。现已在Science、Nature Communications等多个国际权威期刊发表论文18篇,其中第一作者发表SCI论文8篇。现为中国植物生理学和分子生物学协会CSPB、美国植物病理学协会 APS、美国植物学家协会ASPB、美国科学发展促进会AAAS和美国人类遗传学协会ASHG成员。


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杨晓飞,博士,西安交通大学计算机科学与技术学院副教授,博士生导师,中国计算机学会生物信息专委会委员。博士毕业于西安电子科技大学计算机应用技术专业,研究方向为数据挖掘,生物信息学,博士毕业论文荣获2019年陕西省优秀博士论文,2019年西安电子科技大学优秀博士论文。于2018年10月至2019年10月以国家公派访问学者的身份赴美国The Jackson Laboratory基因组医学中心进行学术访问。主要从事多组学数据分析及算法开发,包括基因组组装及注释、结构变异检测算法开发、表观基因组致病模式挖掘、癌症基因组数据分析等研究。主持国家自然科学基金面上项目、青年科学基金项目、国家科技重大专项(子课题负责人)、中国博士后面上项目、陕西省博士后面上项目、中央高校基本科研业务费等项目。共发表学术论文20余篇,包括Science、Genome Biology、Briefings in Bioinformatics、Bioinformatics、BMC Genomics、Genomics Proteomics & Bioinformatics、Quantative Biology 等顶级期刊,所发表论文累计引用754余次,最高单篇引用171次(Google Scholar),h-index为12,i10指数为12.


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高鹏,西安交通大学青年拔尖人才,西安交通大学第一附属医院特聘研究员、博士生导师。本、硕、博均毕业于东南大学医学院,专业分别是临床医学、病理学和免疫学。2011年博士毕业后先后在美国爱荷华大学和费城儿童医院/宾夕法尼亚大学任博士后研究员和研究科学家。2021年初全职回国后加入叶凯教授团队,主要从事单细胞水平的第二代和第三代测序技术的开发及基础与临床应用、胚胎造血干细胞发育的转录调控机制、癌症耐药机制等研究。主持东南大学优秀博士论文基金和西安交通大学”青年拔尖人才“支持项目,参与多项国家自然科学基金、教育部博士点基金、美国的NIH基金以及癌症登月计划中的HTAN项目。迄今在Cell、Cancer Discovery、Immunity、Blood、PNAS、Science Advances、Nucleic Acids Research、Genes & Development、Nature Communications等期刊发表SCI论文25篇(其中第一和通讯作者论文7篇)。SCI引用近600多次,h-index为14。

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合作PI:许丹,西安交通大学生命学院副教授,博士生导师。本科就读于西安交通大学生命科学与技术人才培养基地(本硕连读)班,博士期间以公派联合培养博士生身份赴英国University of Strathclyde大学交流学习两年, 2013年9月获西安交通大学生物学专业博士学位。2013年10月至2016年12月任西安交通大学生命学院讲师,2016年12月至今任西安交通大学生命学院副教授,于2018年1月至2019年12月分别在美国马里兰大学医学院和法国巴斯德所进行博士后研究交流。许丹副教授主要研究方向为肠道微生物与宿主相互作用,研究方向:1.致病菌与宿主免疫之间相互作用及其机制;2. 肠道微生物群组与肠道稳态及其在对抗病原体感染中的作用及其机制。以第一作者/通讯作者在Immunity, Cellular Microbiology,  Infection and Immunity,  Frontiers in Immunology, Antiviral Research, Journal of Microbiology, Journal of Medical Microbiology 等微生物及免疫领域顶尖和知名国际期刊发表SCI论文10篇(其中单篇最高影响因子31分);先后主持了国家自然科学基金3项、中国博士后科学基金2项,研究成果得到了国家自然科学基金委的报道和国内外顶尖学者的引用和正面评价。获国家授权发明专利1项,陕西省科学技术二等奖(第三完成人)1次,目前担任SCI杂志Current Microbiology编辑,与法国、英国及美国多个微生物领域顶尖研究团队保持紧密合作,有畅通的合作培养及学生推荐渠道。承担西安交通大学《生命科学基础1》、《细胞生物学》、《微生物学》、《高等分子细胞生物学》、《高等生物学实验技术》等多门本科及研究生核心课程的教学工作。


6.  学生培养模式
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交叉中心联合莱顿大学、杰克逊实验室开展跨学科研究生培养工作,力求培养方式上突破创新。在中方和外方分别设立一名导师,以1+1>2的双导师方式共同完成对我校研究生的培养工作,这一举措也得到了国家留学基金委的支持,批复了叶凯教授主导的2019年创新型人才国际合作培养项目“人工智能和生物医学交叉双博士学位”项目。当前已成功资助11人前往莱顿大学攻读双博士学位项目。
工作室目前有全日制硕士研究生9人(分属于控制科学与工程、计算机科学与技术、网络安全、生物学等四个学科下),全日制博士研究生10人(分属于控制科学与工程、生物学等两个学科下),在职博士3人,国内硕士生毕业11人(2019年度及2020年硕士毕业生分别获得电信学部优秀毕业生称号),西交莱顿双硕士学位毕业生1人,指导本科毕设30余人。

6.1  硕士培养模式
硕士研究生期间,鼓励并资助学生参加国内外各种交流会议,培养学术兴趣,发展个人专长。
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6.2  博士培养模式
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6.3  学术交流
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ISBC 2019  Switzerland
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Biology of Genome 2019 Cold Spring Harbour(US)
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EBI 2019  Cambridge(Britain)
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EBI 2019  Cambridge(Britain)
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Human Genome Meeting 2019 South Korea
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Human Genome Meeting 2019 South Korea
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American Society of Human Genetics 2018  San Diego
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ISMB  2017  Prague

6.4  毕业去向
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7.  人文建设
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优雅学习环境
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每周组会都是干货满满
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努力钻研的博士师兄
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与老师的讨论总是收获满满
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很快,师兄师姐就毕业了
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交叉中心共同组织大型会议
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我们是温馨大家庭
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每周1到2次羽毛球活动

8.  合作单位
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招生联系方式:
海老师
haijing@xjtu.edu.cn
办公地点:兴庆校区彭康楼

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注微信公众号了解等多

交叉中心招生通知.zip (7.57 MB, 下载次数: 35)
 楼主| 发表于 2021-8-27 16:06:11 | 显示全部楼层
各老师主页:
叶凯:gr.xjtu.edu.cn/en/web/kaiye/research
郭立:gr.xjtu.edu.cn/en/web/leo
杨晓飞:gr.xjtu.edu.cn/en/web/xfyang
许丹:gr.xjtu.edu.cn/en/web/dan.xu
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